Traitements de masse

• Créer et manipuler des bases de données en biologie

Plus précisément :

1. Savoir extraire et importer automatiquement des informations à partir d'un fichier texte vers un tableur, utiliser une feuille de calcul pour analyser les données. Lorsque les données sont massives, savoir basculer vers la conception et l'utilisation d'une base de données.
2. Connaître les outils permettant de manipuler des données biologiques
3. Savoir créer et utiliser une base de données

Connaissance de base en informatique et sur la structure d’un gène

• Manipulation de fichiers simples (« plat » de type texte) présentant une structuration des informations
• extraire des informations ciblées, les importer et les analyser dans une feuille de calcul d'un simple tableur.)
• construire et utiliser une base de données
• Conception et la création de tables de stockage des données
• Construction de requêtes sur ces données stockées pour les analyser.

L'ensemble est vu sous Linux

Liste des TP :

• Fichiers plats (Utilisation des commandes Linux) : redirection et chaînage de commandes, recherche des lignes contenant un motif, sélection de champs.
• Utilisation d'un tableur (LibreOffice) : Importation des données extraites, Définition de formules, Tracé de graphes, Limitations à l'utilisation d'un tableur.
• Conception et utilisation d'une base de données : organisation, interdépendance, clés primaires et clés étrangères, organisation physique des tables, Conception des tables et résolution des relations n-n, Requêtes d'interrogation, Introduction à l'interfaçage web.