Traitements de masse

Traitement de masse

• Manipulation de fichiers simples (« plat » de type texte) présentant une structuration des informations
• extraire des informations ciblées, les importer et les analyser dans une feuille de calcul d'un simple tableur.)
• construire et utiliser une base de données
• Conception et la création de tables de stockage des données
• Construction de requêtes sur ces données stockées pour les analyser.

Séquençage nouvelle génération

• Historique : De la découverte de l’ADN au séquençage du premier génome humain.
• Sanger vs NGS
• Préparation des librairies
• Stratégies de séquençage : WGS, WES, capture, amplicon…
• Exemple du séquençage par synthèse d’Illumina
• Workflow bioinformatique
• Le service commun de génomique de Rouen : équipements, applications, prestations.
• Les nouvelles générations de séquenceurs (Pacific Biosciences, Oxford Nanopore) : la révolution du séquençage en temps réel de reads longs
• Les applications du NGS : DNA-Seq, RNA-Seq, ChiP-Seq, Single-Cell, Methyl-Seq…
• Pipelines bioinformatiques : détection de SNV, CNV. Stratégies d’interprétation. Infrastructure informatique.

L'ensemble est vu sous Linux

Liste des TP :

• Fichiers plats (Utilisation des commandes Linux) : redirection et chaînage de commandes, recherche des lignes contenant un motif, sélection de champs.
• Utilisation d'un tableur (LibreOffice) : Importation des données extraites, Définition de formules, Tracé de graphes, Limitations à l'utilisation d'un tableur.
• Conception et utilisation d'une base de données : organisation, interdépendance, clés primaires et clés étrangères, organisation physique des tables, Conception des tables et résolution des relations n-n, Requêtes d'interrogation, Introduction à l'interfaçage web.

Séquençage nouvelle génération

Formation théorique aux bases du NGS, à ses applications et à ses évolutions. Introduction au traitement bioinformatique des données issues du NGS