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Sciences, Technologies, Santé

Master Bio-Informatique, Compétences Complémentaires en Bioinformatique, Biostatistique pour Biologie, Sc. Biomédicales

  • ECTS

    120 crédits

  • Durée

    2 années

  • Composante

    UFR Sciences et Techniques

Présentation

Objectifs

La biologie expérimentale connait des transformations gigantesques du fait des technologies à haut débit qui produisent des données massives (Big Data) : nouvelles technologies de séquençage de l’ADN et de l’ARN (Next Generation Sequencing), technologies analytiques par RMN et spectrométrie de masse haute résolution pour l’étude des protéines, des métabolites et des structures moléculaires. Tous les domaines et spécialisations de l’étude du vivant sont concernés : médecine de précision (diagnostics moléculaires et parcours de soins personnalisés) et suivi épidémiologique ; génomique animale, végétale et bactérienne & enjeux des biotechnologies alimentaires (amélioration variétale et des bioprocédés industriels); Génomique environnementale & enjeux de la biodiversité (préservation des espèces et des écosystèmes, ressources marines et terrestres, remédiation aux pollutions, bioénergies alternatives).

Pour des biologistes expérimentalistes non formés aux techniques et méthodes de la bioinformatique, qu’ils soient en situation professionnelle, demandeurs d’emploi, finalisant un premier master, une thèse, ces approches expérimentales à très grande échelle posent aujourd’hui la question de l’évolution de carrière. Le nouveau parcours CCB4 est une réponse innovante adaptée au besoin de formation diplômante dans ce domaine. Il vise à former en 1 an à un premier niveau de compétences en matière de « gestion et analyse de données massives en biologie ».

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Savoir faire et compétences

Biologie et expérimentations à large échelle : compréhension de l’origine (plan d’expérience, échantillonnage, technologies de production) et la nature de diverses sources de données biologiques, complexes, massives et hétérogènes et les enjeux des divers questionnements et domaines d’applications

Informatique : langage de programmation (scripting avec Python), systèmes de gestion de bases de données (SQL) et technologies web (HTML, CSS, Javascript) ; utilisation et déploiement de chaînes de traitement sur des infrastructures informatiques distribuées pour le stockage et le calcul intensif (data center, cloud). Management de la qualité (bonnes pratiques de programmation, respect des normes de développement, risques et contraintes, traçabilité des traitements).

Mathématique, Statistique et Sciences des données  : maîtrise des tests, modèles et des outils de statistiques pour l’analyse des données avec R ; Analyse de données et calcul scientifique avec Python,

Bioinformatique : connaissance des principaux programmes et ressources internationales publiques du domaine, pour le développement de chaînes de traitement automatique des données, l’annotation des génomes et des données. Connaissance des méthodes et outils pour le traitement de données de séquençage, l’analyse protéomique.

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Organisation

Ouvert en alternance

Centre de Formation Continue et par Alternance
Bâtiment Michel Serres, rue Thomas Becket
76 821 Mont-Saint-Aignan Cedex
cfa-cfc.univ-rouen.fr
02 35 14 60 76
formation.continue@univ-rouen.fr
alternance@univ-rouen

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Programme

Mutualisation

Le programme est fortement mutualisé avec celui des étudiants du parcours M1 BIMS, enrichissant le groupe d’une mixité des publics. Avec 600 h d’enseignement supplémentaire, le niveau M2 BIMS leur procure une compétence supplémentaire de type « gestion et analyse de données massives approfondie ; concepteur-développeur logiciel, data manager, modélisateur, data scientist ».

Projet tutoré

De par leur formation première dans tous les domaines possibles et spécialisations de l’étude du vivant, les étudiants du parcours CCB4 devront s’investir dans un projet correspondant à leur motivation professionnelle. De leur choix ou sur proposition de l’équipe pédagogique, par exemple à partir d’études publiées et des données présentes dans les banques internationales publiques ou d’une situation professionnelle vécue, ils devront explorer ou approfondir les méthodes et les outils nécessaires aux chaînes de traitement bioinformatiques et biostatistiques qui conduisent à ces résultats. Pour cela une UE « Projet tutoré » au M2S3 prend la forme d’un travail en autoapprentissage supervisé par un membre de l’équipe pédagogique.

Stage

La formation est complétée par un stage obligatoire conventionné, en France ou à l’international dans le secteur public ou privé d’une durée de 4 mois ou plus. En juillet, un rapport, une soutenance, une grille d’évaluation par l’encadrant constitue l’évaluation. À la différence des étudiants du parcours BIMS, qui se concentrent sur les méthodes et mise en œuvre, les sujets de stage du parcours CCB4 intègrent nécessairement une composante d’interprétation biologique post-traitement des résultats.

Le parcours CCB4, grâce à son parcours BIMS existant depuis 20 ans, bénéficie d’un fort partenariat pour l’accueil en stage au niveau local, régional et national. Il offre un vaste terrain d’expériences professionnelles dans tous les domaines d’applications et par toutes les approches techniques du métier (Visitez la fiche parcours BIMS). Comme les étudiants du parcours BIMS, les étudiants du parcours CCB4 sont guidés et bénéficient d’une mise en réseau pour trouver selon leurs choix scientifiques et géographiques des structures d’accueil publiques ou privées.

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Master Bio-Informatique, Compétences Complémentaires Bioinformatique, Biostatistique pour Biologie Biomedical 2ème année

Admission

Conditions d'accès

Le parcours CCB4 offre une diplomation complémentaire en 1 an pour des personnes qui ne sont pas déjà diplômées dans le domaine. Le parcours s’adresse ainsi à un public diplômé en biologie (au sens large) attestant d’un niveau BAC+5 validé, et présentant un projet professionnel justifiant l’acquisition de compétences complémentaires en bioinformatique. L’admission se fait en semestre 3.
- Titulaires de Master ou de Doctorat en biologie.
- Étudiants de filière en santé (Médecine, Pharmacie).
- Ingénieurs diplômés en biologie
- Biologistes salariés ou en reprise d’études titulaires d’un Master

Modalités : Étude de dossier et entretien

Composition du dossier :
Si vous êtes en poursuite d’études (formation initiale)
- CV détaillé
- Lettre de motivation incluant le projet professionnel
- Relevés de notes post-bac et contenus de formation
- Lettre(s) d’appréciation d’un ou plusieurs référents
- Copie du dernier diplôme obtenu

Si vous êtes en reprise d’études (FTLV)

- CV détaillé
- Lettre de motivation incluant le projet professionnel
- Documents expériences professionnelles et compétences acquises
- Contrats de travail et fonctions exercées auparavant
- Demandeurs d'emploi : carte d'inscription à Pôle Emploi
- Dossier financier proposé par les conseillers préalablement consultés de la Formation Continue
- Copie du dernier diplôme obtenu

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Modalités d'inscription

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